Aufgrund seiner günstiger Lage war der Ort seit der Frühzeit immer wieder besiedelt. Funde aus Mittel-, Jungsteinzeit, aus Hallstatt-, Kelten- und Römerzeit bestätigen das und schon in Frühzeiten war Tapfheim wie auch heute ein typisches Straßendorf; denn während der Römerzeit lag Tapfheim direkt an einer alten Römerstraße, die sich in etwa mit dem Verlauf der B 16 deckt.
Das erste Mal, dass Tapfheim in einer voll datierten Urkunde genannt wird, ist dam 29. Juni 1067. Hier wird ein ‚Rudolph von Tapfheim’ in einer Güterschenkung an das Stift St. Peter am Perlach in Augsburg als Zeuge der Schenkung genannt. Im 11. und 12. Jahrhundert findet sich ein Edelfreiengeschlecht in Tapfheim, allerdings fällt ab Mitte des 13. Jahrhundert Tapfheim unter die Herrschaft der Wittelsbacher, welche Tapfheim dann an das Fürstentum Pfalz-Neuburg, einen ‚Ableger’ der Wittelsbacher vergaben.
Daneben gelangte auch das Zisterzienserstift Kaisheim ab dem 13. Jahrhundert zu erheblichem Einfluss in Tapfheim. Zwischenzeitlich verlor das Kloster Kaisheim seine Rechte wieder, gelangte aber 1692 wieder zu seinen alten Rechten und behielt diese bis zur Säkularisation.
Während der Schlacht von Blindheim, 1704, die den Spanischen Erbfolgekrieg mit entschied, sollen Engländer und Österreicher ihre Truppen von der Tapfheimer Kirche aus geleitet haben.
Am 1. Juli 1972 wurde Tapfheim während der Gebietsreform ein Teil des Landkreises Donau-Ries und wurde zusammen mit Brachstadt, Donaumünster, Erlingshofen, Oppertshofen und Rettingen ein Teil der neuen Großgemeinde Tapfheim.